Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.)
Characterization and biological control of Xanthomonas campestris pv. campestris from winter oilseed rape (Brassica napus L.)
Аутори
Jelušić, Aleksandra
Ментор
Popović, TatjanaBerić, Tanja
Чланови комисије
Stanković, Slaviša
Lozo, Jelena
Mitrović, Petar
Докторска теза (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Bakterija Xanthomonas campestris pv. campestris je nedavno opisana kao patogen ozime uljane repice u Srbiji. Istraživanja u ovom radu su sprovedena na kolekciji od 65 izolata dobijenih sa različitih genotipova ozime uljane repice tokom 2014., 2016. i 2018. godine sa 10 lokaliteta u Vojvodini. Postojanje intraspecijskog genetičkog diverziteta populacije je utvrđeno korišćenjem rep-PCR i MLST/MLSA metodologije. Rezultati su ukazali na postojanje sedam genetički različitih grupa kod testiranih izolata i postojanje pet tipova sekvenci (ST3, ST5, ST9, ST26 i ST47) na osnovu kombinacije determinisanih alelskih profila, među kojima je ST47 najzastupljeniji. Svi proučavani izolati su bili patogeni na uljanoj repici i utvrđena je osetljivost kod svih 50 testiranih linija, sorti i hibrida uljane repice kao i kod 6 testiranih Brassica oleracea (kupus, kelj, keleraba, brokoli, raštan, karfiol) domaćina. Rezultati patogenosti su ukazali na postojanje tri grupe izolata, visoke, srednje i slabe virul...entnosti. Metabarkoding analiza uticaja bakterije X. campestris pv. campestris na sastav autohtonih mikrobijalnih zajednica filosfere i rizosfere uljane repice pokazala je da je kod obolelih biljaka dolazilo do smanjenja bakterijskog diverziteta filosfere i zastupljenosti potencijalno korisnih bakterijskih rodova. Izolacijom tri biokontrolna agensa (Bacillus velezensis izolat X5-2, Bacillus megaterium izolat X6-3 i Pseudomonas orientalis izolat X2-1P) poreklom sa filosfere zdravih i zaraženih biljaka uljane repice sprovedena su istraživanja mogućnosti suzbijanja bakterije X. campestris pv. campestris u in vitro i in vivo uslovima. Takođe, u radu je dokazan genetički potencijal ovih izolata za produkciju lipopeptida i antibiotika, što je potvrđeno i hemijskom analizom njihovih ekstrakata
Xanthomonas campestris pv. campestris was described recently as a pathogen of winter oilseed rape in Serbia. This research was performed on a collection of 65 isolates obtained from different winter oilseed rape genotypes during 2014, 2016, and 2018 from 10 localities in Vojvodina. Intraspecies genetic diversity within the population was determined using rep-PCR and MLST/MLSA. Results indicated the existence of seven genetically distinct groups of tested isolates and five sequence types (ST3, ST5, ST9, ST26, and ST47) based on a combination of determined allelic profiles, with ST47 being the most common. All tested isolates were pathogenic on oilseed rape. All 50 tested lines, varieties, and hybrids of oilseed rape, as well as six tested Brassica oleracea (cabbage, kale, kohlrabi, broccoli, collard greens, cauliflower) hosts were susceptible to the tested isolates. The pathogenicity results indicated the existence of three groups of isolates showing high, medium, and low virulence. Met...abarcoding analysis of the influence of the bacterium X. campestris pv. campestris on the composition of indigenous microbial communities of the oilseed rape phyllosphere and rhizosphere showed the reduction of bacterial diversity and abundance of potentially beneficial bacterial genera in the phyllosphere of diseased plants. By isolation of three biocontrol agents (Bacillus velezensis X5-2, Bacillus megaterium X6-3, and Pseudomonas orientalis X2-1P) from the phyllosphere of healthy and diseased oilseed rape plants, their possibility to control X. campestris pv. campestris was tested in vitro and in vivo. Within this work, the genetic potential of these isolates to produce lipopeptides and antibiotics was proven and confirmed by the chemical analysis of their extracts.
Кључне речи:
Xanthomonas campestris pv. campestris, ozima uljana repica, genetički diverzitet, patogenost, krug domaćina, biološka kontrola, Bacillus spp., Pseudomonas spp., metabarkoding / Xanthomonas campestris pv. campestris, winter oilseed rape, genetic diversity, pathogenicity, host range, biological control, Bacillus spp., Pseudomonas spp., metabarcodingИзвор:
Универзитет у Београду, 2022Издавач:
- Универзитет у Београду, Биолошки факултет
Колекције
Институција/група
Institut za multidisciplinarna istraživanjaTY - THES AU - Jelušić, Aleksandra PY - 2022 UR - http://rimsi.imsi.bg.ac.rs/handle/123456789/1856 AB - Bakterija Xanthomonas campestris pv. campestris je nedavno opisana kao patogen ozime uljane repice u Srbiji. Istraživanja u ovom radu su sprovedena na kolekciji od 65 izolata dobijenih sa različitih genotipova ozime uljane repice tokom 2014., 2016. i 2018. godine sa 10 lokaliteta u Vojvodini. Postojanje intraspecijskog genetičkog diverziteta populacije je utvrđeno korišćenjem rep-PCR i MLST/MLSA metodologije. Rezultati su ukazali na postojanje sedam genetički različitih grupa kod testiranih izolata i postojanje pet tipova sekvenci (ST3, ST5, ST9, ST26 i ST47) na osnovu kombinacije determinisanih alelskih profila, među kojima je ST47 najzastupljeniji. Svi proučavani izolati su bili patogeni na uljanoj repici i utvrđena je osetljivost kod svih 50 testiranih linija, sorti i hibrida uljane repice kao i kod 6 testiranih Brassica oleracea (kupus, kelj, keleraba, brokoli, raštan, karfiol) domaćina. Rezultati patogenosti su ukazali na postojanje tri grupe izolata, visoke, srednje i slabe virulentnosti. Metabarkoding analiza uticaja bakterije X. campestris pv. campestris na sastav autohtonih mikrobijalnih zajednica filosfere i rizosfere uljane repice pokazala je da je kod obolelih biljaka dolazilo do smanjenja bakterijskog diverziteta filosfere i zastupljenosti potencijalno korisnih bakterijskih rodova. Izolacijom tri biokontrolna agensa (Bacillus velezensis izolat X5-2, Bacillus megaterium izolat X6-3 i Pseudomonas orientalis izolat X2-1P) poreklom sa filosfere zdravih i zaraženih biljaka uljane repice sprovedena su istraživanja mogućnosti suzbijanja bakterije X. campestris pv. campestris u in vitro i in vivo uslovima. Takođe, u radu je dokazan genetički potencijal ovih izolata za produkciju lipopeptida i antibiotika, što je potvrđeno i hemijskom analizom njihovih ekstrakata AB - Xanthomonas campestris pv. campestris was described recently as a pathogen of winter oilseed rape in Serbia. This research was performed on a collection of 65 isolates obtained from different winter oilseed rape genotypes during 2014, 2016, and 2018 from 10 localities in Vojvodina. Intraspecies genetic diversity within the population was determined using rep-PCR and MLST/MLSA. Results indicated the existence of seven genetically distinct groups of tested isolates and five sequence types (ST3, ST5, ST9, ST26, and ST47) based on a combination of determined allelic profiles, with ST47 being the most common. All tested isolates were pathogenic on oilseed rape. All 50 tested lines, varieties, and hybrids of oilseed rape, as well as six tested Brassica oleracea (cabbage, kale, kohlrabi, broccoli, collard greens, cauliflower) hosts were susceptible to the tested isolates. The pathogenicity results indicated the existence of three groups of isolates showing high, medium, and low virulence. Metabarcoding analysis of the influence of the bacterium X. campestris pv. campestris on the composition of indigenous microbial communities of the oilseed rape phyllosphere and rhizosphere showed the reduction of bacterial diversity and abundance of potentially beneficial bacterial genera in the phyllosphere of diseased plants. By isolation of three biocontrol agents (Bacillus velezensis X5-2, Bacillus megaterium X6-3, and Pseudomonas orientalis X2-1P) from the phyllosphere of healthy and diseased oilseed rape plants, their possibility to control X. campestris pv. campestris was tested in vitro and in vivo. Within this work, the genetic potential of these isolates to produce lipopeptides and antibiotics was proven and confirmed by the chemical analysis of their extracts. PB - Универзитет у Београду, Биолошки факултет T2 - Универзитет у Београду T1 - Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.) UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_20682 ER -
@phdthesis{ author = "Jelušić, Aleksandra", year = "2022", abstract = "Bakterija Xanthomonas campestris pv. campestris je nedavno opisana kao patogen ozime uljane repice u Srbiji. Istraživanja u ovom radu su sprovedena na kolekciji od 65 izolata dobijenih sa različitih genotipova ozime uljane repice tokom 2014., 2016. i 2018. godine sa 10 lokaliteta u Vojvodini. Postojanje intraspecijskog genetičkog diverziteta populacije je utvrđeno korišćenjem rep-PCR i MLST/MLSA metodologije. Rezultati su ukazali na postojanje sedam genetički različitih grupa kod testiranih izolata i postojanje pet tipova sekvenci (ST3, ST5, ST9, ST26 i ST47) na osnovu kombinacije determinisanih alelskih profila, među kojima je ST47 najzastupljeniji. Svi proučavani izolati su bili patogeni na uljanoj repici i utvrđena je osetljivost kod svih 50 testiranih linija, sorti i hibrida uljane repice kao i kod 6 testiranih Brassica oleracea (kupus, kelj, keleraba, brokoli, raštan, karfiol) domaćina. Rezultati patogenosti su ukazali na postojanje tri grupe izolata, visoke, srednje i slabe virulentnosti. Metabarkoding analiza uticaja bakterije X. campestris pv. campestris na sastav autohtonih mikrobijalnih zajednica filosfere i rizosfere uljane repice pokazala je da je kod obolelih biljaka dolazilo do smanjenja bakterijskog diverziteta filosfere i zastupljenosti potencijalno korisnih bakterijskih rodova. Izolacijom tri biokontrolna agensa (Bacillus velezensis izolat X5-2, Bacillus megaterium izolat X6-3 i Pseudomonas orientalis izolat X2-1P) poreklom sa filosfere zdravih i zaraženih biljaka uljane repice sprovedena su istraživanja mogućnosti suzbijanja bakterije X. campestris pv. campestris u in vitro i in vivo uslovima. Takođe, u radu je dokazan genetički potencijal ovih izolata za produkciju lipopeptida i antibiotika, što je potvrđeno i hemijskom analizom njihovih ekstrakata, Xanthomonas campestris pv. campestris was described recently as a pathogen of winter oilseed rape in Serbia. This research was performed on a collection of 65 isolates obtained from different winter oilseed rape genotypes during 2014, 2016, and 2018 from 10 localities in Vojvodina. Intraspecies genetic diversity within the population was determined using rep-PCR and MLST/MLSA. Results indicated the existence of seven genetically distinct groups of tested isolates and five sequence types (ST3, ST5, ST9, ST26, and ST47) based on a combination of determined allelic profiles, with ST47 being the most common. All tested isolates were pathogenic on oilseed rape. All 50 tested lines, varieties, and hybrids of oilseed rape, as well as six tested Brassica oleracea (cabbage, kale, kohlrabi, broccoli, collard greens, cauliflower) hosts were susceptible to the tested isolates. The pathogenicity results indicated the existence of three groups of isolates showing high, medium, and low virulence. Metabarcoding analysis of the influence of the bacterium X. campestris pv. campestris on the composition of indigenous microbial communities of the oilseed rape phyllosphere and rhizosphere showed the reduction of bacterial diversity and abundance of potentially beneficial bacterial genera in the phyllosphere of diseased plants. By isolation of three biocontrol agents (Bacillus velezensis X5-2, Bacillus megaterium X6-3, and Pseudomonas orientalis X2-1P) from the phyllosphere of healthy and diseased oilseed rape plants, their possibility to control X. campestris pv. campestris was tested in vitro and in vivo. Within this work, the genetic potential of these isolates to produce lipopeptides and antibiotics was proven and confirmed by the chemical analysis of their extracts.", publisher = "Универзитет у Београду, Биолошки факултет", journal = "Универзитет у Београду", title = "Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.)", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_20682" }
Jelušić, A.. (2022). Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.). in Универзитет у Београду Универзитет у Београду, Биолошки факултет.. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_20682
Jelušić A. Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.). in Универзитет у Београду. 2022;. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_20682 .
Jelušić, Aleksandra, "Karakterizacija i biološka kontrola Xanthomonas campestris pv. campestris sa ozime uljane repice (Brassica napus l.)" in Универзитет у Београду (2022), https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_20682 .
Related items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Genetic characterization of Xanthomonas campestris pv. campestris isolates from different hosts using PFGE and Rep-pcr techniques / Genetička karakterizacija Xanthomonas campestris pv. campestris poreklom sa različitih domaćina upotrebom PFGE i rep-pcr metoda
Popović Milovanović, Tatjana; Jelušić, Aleksandra; Mitrović, Petar; Stanković, Slaviša; Lozo, Jelena; Nikolić, Ivan; Berić, Tanja (UDRUŽENJE MIKROBIOLOGA SRBIJE, Nemanjina 6, Beograd, 2018) -
Genetic diversity and virulence of Xanthomonas campestris pv. campestris isolates from Brassica napus and six Brassica oleracea crops in Serbia
Popović, Tatjana; Mitrović, Petar; Jelušić, Aleksandra; Dimkić, Ivica; Marjanović-Jeromela, Ana; Nikolić, Ivan; Stanković, Slaviša (Wiley, Hoboken, 2019) -
Changes in the winter oilseed rape microbiome affected by Xanthomonas campestris pv. campestris and biocontrol potential of the indigenous Bacillus and Pseudomonas isolates
Jelušić, Aleksandra; Popović, Tatjana; Dimkić, Ivica; Mitrović, Petar; Peeters, Kelly; Miklavcic-Visnjevec, Ana; Tavzes, Crtomir; Stanković, Slaviša; Berić, Tanja (Academic Press Inc Elsevier Science, San Diego, 2021)