Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji
Само за регистроване кориснике
2023
Аутори
Popović Milovanović, TatjanaIličić, Renata
Trkulja, Nenad
Trkulja, Vojislav
Zečević, Katarina
Jelušić, Aleksandra
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo,... 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. Multigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji.
Кључне речи:
bakteriozna mrljavost, Acidovorax citrulli, MLSAИзвор:
XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar, 2023, 10-11Издавач:
- Društvo za zaštitu bilja Srbije
Финансирање / пројекти:
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200010 (Институт за заштиту биља и животну средину, Београд) (RS-MESTD-inst-2020-200010)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200117 (Универзитет у Новом Саду, Пољопривредни факултет) (RS-MESTD-inst-2020-200117)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200116 (Универзитет у Београду, Пољопривредни факултет) (RS-MESTD-inst-2020-200116)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200053 (Универзитет у Београду, Институт за мултидисциплинарна истраживања) (RS-MESTD-inst-2020-200053)
Институција/група
Institut za multidisciplinarna istraživanjaTY - CONF AU - Popović Milovanović, Tatjana AU - Iličić, Renata AU - Trkulja, Nenad AU - Trkulja, Vojislav AU - Zečević, Katarina AU - Jelušić, Aleksandra PY - 2023 UR - http://rimsi.imsi.bg.ac.rs/handle/123456789/2686 AB - Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. Multigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji. PB - Društvo za zaštitu bilja Srbije C3 - XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar T1 - Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji EP - 11 SP - 10 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_rimsi_2686 ER -
@conference{ author = "Popović Milovanović, Tatjana and Iličić, Renata and Trkulja, Nenad and Trkulja, Vojislav and Zečević, Katarina and Jelušić, Aleksandra", year = "2023", abstract = "Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. Multigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji.", publisher = "Društvo za zaštitu bilja Srbije", journal = "XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar", title = "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji", pages = "11-10", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_rimsi_2686" }
Popović Milovanović, T., Iličić, R., Trkulja, N., Trkulja, V., Zečević, K.,& Jelušić, A.. (2023). Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar Društvo za zaštitu bilja Srbije., 10-11. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_rimsi_2686
Popović Milovanović T, Iličić R, Trkulja N, Trkulja V, Zečević K, Jelušić A. Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar. 2023;:10-11. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_rimsi_2686 .
Popović Milovanović, Tatjana, Iličić, Renata, Trkulja, Nenad, Trkulja, Vojislav, Zečević, Katarina, Jelušić, Aleksandra, "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji" in XVII SIMPOZIJUM O ZAŠTITI BILJA, Zlatibor, Srbija, 27.- 30. novembar (2023):10-11, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_rimsi_2686 .